Các Câu lạc bộ phụ trách công tác Đội huyện Phù Mỹ tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc tự quản, tự nguyện, tự chủ, hiệp thương dân chủ, tự xây dựng chương trình, kế hoạch hoạt động phù hợp với quy định của Quy chế tổ chức và hoạt động của Câu lạc bộ và yêu cầu, nhiệm vụ thực tế đề ra. Định kỳ Câu lạc bộ tổ chức sinh hoạt hai tháng 01 lần; ngoài ra, tùy theo yêu cầu thực tế, Ban Chủ nhiệm sẽ quyết định triệu tập hội viên đột xuất. Định kỳ 06 tháng, 01 năm CLB sẽ tổ chức sơ kết và báo cáo kết quả hoạt động về Hội đồng Đội huyện theo dõi, chỉ đạo.
Việc thành lập và đi vào hoạt động của các Câu lạc bộ phụ trách Đội là điều kiện cho đội ngũ cán bộ phụ trách công tác Đội gặp gỡ, giao lưu, trao đổi kinh nghiệm, học tập lẫn nhau trong cuộc sống và công tác Đội, thúc đẩy hơn nữa công tác Đội và phong trào thiếu nhi trong trường học và địa bàn dân cư.